Maskinernas dån och asfaltens utbredning har tvingat bort magin från Sigtuna. Tomten Nisse, en 275-årig beskyddare av Sveriges äldsta stad, har tvingats fly djupt in i skogarna tillsammans med älvor och oknytt. Men längtan efter barnen och staden blir till slut för stor. När han i hemlighet återvänder möter han syskonen Olle och Lisa. Tillsammans ger de sig ut på en magisk resa genom tusen år av historia, från vikingakungar och dolda silverskatter till mystiska igenmurade trappor och bortglömda väsen. Men tiden håller på att rinna ut. Människornas hänsynslösa framfart hotar att kapa det urgamla bandet mellan natur och människa. Nisse bär på Sigtunas djupaste hemligheter, och om tomten försvinner går också mänsklighetens framtidshopp förlorat. Kan Olle och Lisa hjälpa honom att väcka historien till liv och återställa den förlorade harmonin, eller kommer mörkret att sluka stadens sista magi för evigt?